Elina Mustonen on luonut pitkän ja näyttävän uran cembalistina ja pedagogina. Näistä ansioista hänelle myönnettiin Pro Musica -säätiön tunnustuspalkinto vuonna 2013. Solistina ja kamarimuusikkona Mustonen on esiintynyt ympäri Eurooppaa ja Yhdysvalloissa yhteistyökumppaneinaan niin vanhan kuin uudemmankin musiikin parhaimmisto (esim. Mahler Chamber Orchestra ja Pekka Kuusisto, Ton Koopman, Wieland Kuijken, Laurence Dreyfus ja Andres Mustonen) Hän on myös levyttänyt ahkerasti niin suomalaisille kuin kansainvälisillekin levymerkeille – mm. J.S. Bachin koko cembalosarjatuotannon.
Muusikon työnsä ohella Elina Mustonen on laajentanut toimintaansa myös teatteritaiteen puolelle. Näyttelijäntyötä hän on opiskellut mm. maineikkaassa Royal Academy of Dramatic Art -korkeakoulussa (RADA) Lontoossa. Hän on ollut luomassa monia poikkitaiteellisia produktioita. Näistä varhaisimpana ”Laulustaan lintu tunnetaan”, joka perustuu Nobel-kirjailija José Saramagon romaaniin ”Baltasar ja Blimunda” ja Domenico Scarlattin cembalomusiikkiin. Kirjailijan kutsusta esitys on vieraillut eri puolilla Eurooppaa.
Mustosen merkittävimpiä rooleja näyttelijänä ovat olleet Prospero (Shakespeare: ”Myrsky”), Hippolyta ja Titania (Shakespeare: ”Kesäyön uni”), nimirooli Jussi Kylätaskun näytelmässä ”Maaria Blomma” sekä Ida Aalberg ja Aino Sibelius Järvenpään teatterin Sibelius- juhlavuoden -produktioissa.
Shakespearen 400 -juhlavuoden kunniaksi Elina Mustonen valmisti yhteistyössä kirjallisuudentutkija Nely Keinäsen ja ohjaaja-dramaturgi Johanna Freundlichin kanssa näyttämöllisen sooloteoksen ”Her Infinite Variety – Shakespearen naiset sanoin ja sävelin.” Produktio on kiertänyt ympäri Suomea, ja se on nähty myös Dublinissa ja Lontoossa esityspaikkoina maineikkaat Rose Theatre ja Garrick’s Temple to Shakespeare.
Mustosen ja Freundlichin tuorein yhteistyö ”JOUEZ! – Molièren matkassa” yhdistää Molièren värikkäät näyttämöhahmot ja aikakauden ranskalaisen musiikin persoonalliseksi musiikkiteatteriksi. Suuren suosion saaneen esityksen visuaalisesta ilmeestä vastaa Nina Mansikka.
Elina Mustonen on toiminut viime vuosina myös orkesterinjohtotehtävissä, viimeksi Lapin Kamariorkesterin vieraana. Syksyllä 2013 hän vastasi Aku Ahjolinnan baletin ”Kaarina Maununtytär” -baletin musiikista ja musiikinjohdosta. Vuodesta 2012 hän on toiminut perustamansa Heinola Residence -festivaalin taiteellisena johtajana.
Mustonen on kantaesittänyt paljon uutta musiikkia cembalolle, mm. Eero Hämeenniemen, Harri Vuoren, Olli Mustosen ja Peter Machadijkin teoksia, joista osa on omistettu hänelle. Tuoreimpana tehtävänä mainittakoon solistinen cembalo-osuus Juha T. Koskisen oopperassa Lusia Rusintytär 2015. Hänen ohjelmistoonsa kuuluvat barokkikonserttojen ohella myös Manuel de Fallan, Françis Poulencin ja Bohuslav Martinun cembalokonsertot.
Elina Mustoselle on myönnetty taiteilijaprofessuuri vuodesta 2017 alkaen.